2002માં ગોધરાકાંડ બાદ થયેલા કોમી રમખાણોમાં બિલ્કીસ બાનો રેપ કેસમાં સુપ્રીમ કોર્ટ ગુજરાત સરકારને સખત આદેશ આપ્યો છે. કોર્ટે ગુજરાત સરકારને બિલ્કીસ બાનોને પીડિતા બિલ્કીસને 50 લાખ રૂપિયાનું વળતર અને સરકારી નોકરી ઉપરાંત આવાસ આપવાનો હુકમ કર્યો છે.
ગુજરાત સરકારે સુપ્રીમ કોર્ટને સૂચિત કરી હતી કે બિલ્કીસ બાનો કેસમાં જે દોષી અધિકારીઓએ પુરાવા સાથે છેડછાડ કરી હતી તેમનું પેન્શન રદ્ કરવામાં આવ્યું છે. જ્યારે બે આઈપીએસ અધિકારીઓને બે રેન્કોમાં ડિમોટ કરવામાં આવ્યા છે. કોર્ટે પોલીસ અધિકારીઓ વિરુદ્વ કાર્યવાહી કરવા માટે મંજુરી આપી દીધી છે.
2002માં ગુજરાતમાં કોમી રમખાણો દરમિયાન બિલ્કીસ બાનો પર સામૂહિત બળાત્કાર ગુજારવામાં આવ્યો હતો. આ અંગે સુપ્રીમ કોર્ટમાં સુનાવણી હાથ ધરવામાં આવી હતી. પાછલી સુનાવણીમાં સુપ્રીમ કોર્ટે ગુજરાત સરકારને આ મામલે તપાસ દરમિયાન પુરવા સાથે છેડછાડ કરવામાં હાઈકોર્ટ દ્વારા દોષિત ઠેરવેલા 6 પોલીસ વિરુદ્વ શું કાર્યવાહી કરવામાં આવી છે તે અંગે ખુલાસો માંગ્યો હતો અને પોલીસ અધિકારીઓ વિરુદ્વ ડિસીપ્લીનરી એક્શન લેવાનું કહ્યું હતું. કોર્ટે ગુજરાત સરકારને નિર્દેશ આપ્યા હતા કે 2002માં બિલ્કીસ બાનો કેસમાં દોષી ઠરેલા પોલીસ અધિકારો વિરુદ્વ બે સપ્તાહમાં કાર્યવાહી કરી તેનો રિપોર્ટ કોર્ટમાં રજૂ કરવામાં આવે.
બિલ્કીસ બાનોએ સુપ્રીમ કોર્ટમાં અરજી દાખલ કરી કહ્યું હતું કે આ કેસમાં તેને વધુ વળતર આપવામાં આવે. આ ઉપરાંત એવું પણ કહ્યું હતું કે ચાર પોલીસ અને બે ડોક્ટરોને પણ હાઈકોર્ટ દોષી ઠેરવેલા છે અને તેમને પણ પાછા નોકરી પર લઈ લેવામાં આવ્યા છે. કોર્ટે ગુજરાત સરકાર પાસે જવાબ માંગ્યો હતો અને બિલ્કીસને વળતર માટે અલગથી અરજી કરવાનું કહ્યું હતું.
ગોધરાકાંડ બાદ ગુજરાતમાં થયેલા કોમી રમખાણોમાં બિલ્કીસ સાથે સામૂહિક બળાત્કાર થયો હતો અને તેના પરિવારના સાત લોકોની હત્યા કરી નાંખવામાં આવી હતી. આ કેસમાં ખાસ અદાલતે 21 જાન્યુઆરી 2008માં 11 આરોપીઓને આજીવન કેદની સજા સંભળાવી હતી અને જ્યારે પોલીસ કર્મચારીઓ અને ડોક્ટરો સાત આરોપીઓને મૂક્ત કર્યા હતા.